通关口袋妖怪火红主线剧情后，玩家可以继续寻觅丰盛的隐藏内容和挑战性方法。首先主推的是完成全图鉴收集，这是对训练师综合能力的终极考验。游戏中共有386种宝可梦可供收集，包括需要通过特定条件触发的稀有神兽捕捉任务。火焰鸟、闪电鸟和急冻鸟三大典范神兽分别位于灯火山顶、无人发电厂深处和双子岛瀑布后方，而超梦则隐藏在华蓝洞窟最底层，捕捉这些神兽需要精心准备会冲浪、攀瀑等秘传技能的宝可梦队伍。

通关后另壹个重要方法是前往七岛进行探险。在博士处将图鉴更新为386版后，前往火焰山右侧山洞获取红宝石并换取船票，即可解开七岛区域。这些岛屿升分布着特殊的剧情任务和隐藏道具，比如4号岛的冰洞谜题需要掌握登瀑布技能，5号岛能获取波可比的蛋，6号岛通过斩术开始南门后可获取蓝宝石，7号岛则能遭遇独特宝可梦安侬。每个岛屿都设计了和环境特性紧密结合的解谜要素，大大延长了游戏的可寻觅时刻。

对于追求战斗挑战的玩家，可以尝试组建不同属性的队伍进行二周目道馆再挑战。通关后部分道馆馆主的宝可梦等级和阵型会显著提高，比如岩石系道馆的大岩蛇和钢磁鼻将进化至更高形态。同时游戏还隐藏着多位实力强劲的NPC训练师，如在灯火山温泉附近运用战斗探测器可以反复挑战37级左右的训练师，这是快速提高队伍等级的有效途径。NPC的宝可梦等级会动态匹配玩家队伍的顶尖等级，这标准玩家必须保持均衡的培养策略。

闪光宝可梦的收集也是通关后的趣味方法其中一个。通过特定区域的反复遭遇或软重启方法，可以刷出颜色变异的稀有宝可梦，如闪光超梦需要7048次以上的软重启才有几率出现。不同闪光宝可梦的性格值和技能组合各不相同，收集经过既考验耐心也充满惊喜。英文版和日文版的闪光宝可梦数据互通，通过GBA联机线可以实现跨版本传输，这为收集提供了更多也许性。

最后值得关注的是游戏中的隐藏道具和技能机器收集。通关后玩家可以返回早期区域，利用新获取的秘传技能解开先前无法到达的位置，比如用碎石打开岩神柱洞穴的隐藏通道，或运用闪光寻觅黑暗洞穴的深处。部分重要道具如MEGA石、极巨腕带等只能在后期的特定地点获取，这些装备能显著改变对战策略。全道具收集不仅完善了游戏尝试，也为对战塔等设施挑战提供了战略支持。